随着科研的不断探索，抗菌肽应用到生活中的领域越来越广，抗菌肽凭借自身强大的抗菌活性它能够迅速杀死许多微生物，包括细菌、真菌、病毒及肿瘤细胞尤其是那些对多种抗生素具有耐药性的病原体，与抗生素抑制或杀灭微生物不同，抗菌肽可以通过多种机制杀灭或抑制病原体：它可以直接进入细菌内部破坏DNA或者蛋白质的合成，它也可以提高机体免疫力达到抑菌的效果。
(1)养殖中的应用 人们养殖的过程中经常遇到病毒和细菌的侵袭，造成不少损失，研究发现在肉鸡饲料中添加抗菌肽能降低肉鸡肠道细菌数量，提高饲料转化率促进更好的生长发育。在养猪产业中，通过向母猪或者猪仔饲料中加入抗菌肽可以调节猪体内的免疫系统，从而显著改善母猪以及猪仔的健康状况，降级病死率在水产养殖中由于追求产量往往高密度的养殖，造成水体细菌较多污染严重，各种病害频发，如果使用传统抗生素的话，长此以往会逐渐破坏水体的微生物平衡，相对比较容易产生耐药性，病害越来越严重，收益越来越少。通过添加抗菌肽作为饲料添加剂可以非常有效的提高产量。
(2)医药中的应用 研究表明抗菌肽可以有效的抑制肿瘤细胞的生长，并且对人体正常细胞无害，这给肿瘤药物研发提供了一个很好的思路现在已有部分抗菌肽用于临床方面了。现阶段抗菌肽主要用于消炎、抗感染、抗真菌方面，应用方式可以是局部的，比如喷雾药剂。也可以是较为系统的比如口服给药的形式。抗菌肽有望打破传统的抗生素治疗单一模式，联合治疗非常有可能占据主流。
(3)日化品中的应用 抗菌肽不知不觉已经走进了我们的日常生活，在平时用的牙膏中现在不少也添加到了抗菌活性肽，可以更好的抑制口腔内部的细菌，保持口腔健康。还有些消毒消炎的喷雾制剂也加入了抗菌肽。
