抗菌肽通常由10-60个氨基酸组成，带正电荷并且显碱性，良好的稳定性和广普抗菌性。一级结构上分为线性肽和环肽，其中的环肽大部分是含有一对或者多对二硫键环，二级结构大多有螺旋状或者折叠状。抗菌肽能够与细胞膜相互结合，通过静电力破坏细胞的通透性，造成细胞膜的碎裂溶解，从而使胞内物质流出，最终导致细菌细胞凋亡。

        与传统抗生素相比抗菌肽通过多种机制和不同途径发挥作用的能力不但增加了它的抗菌活性，而且减低了发生耐药性的概率。通过多种途径联合发挥作用可以很大程度上降低细菌同时获得多种突变的可能性，从而使得抗菌肽在耐药性上具有很好的治疗潜力。另外由于许多抗菌肽作用于细菌的细胞膜位点，细菌必须完全重新设计其细胞膜的结构才能发生突变，需要在较长时间内才可能发生多个突变。

        和一般的线性肽相比，抗菌肽的耐热度更高，保持活性的能力更强酸碱度方面同样也更出众，通过胃液模拟实验离体实验和动物实验发现抗菌肽PH稳定范围大概在2-9之间，即使过胃之后绝大部分的活性都可以保留。此外抗菌肽对胃蛋白酶的稳定性也更好，但是在小肠中对胰蛋白酶、糜蛋白酶、肽酶的稳定性要相对差一点，大概几个小时以后就会被酶解为小肽或者氨基酸残基片段。