天然抗菌肽广泛存在于自然界中，比如微生物中的细菌、病毒、真菌等。为了抵御病毒的侵袭植物体内也会蕴含着多种抗菌肽，它是植物防御系统的屏障，同样动物为了更好的生存它们体内也有着抗菌肽的存在。除了以上这些抗菌肽还广泛存在于昆虫、海洋生物中等。

        (1)微生物抗菌肽    在一些细菌中比如革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均可分泌。已发现的抗菌肽有杆菌肽多粘菌素和乳链球菌肽。

        (2)动物类抗菌肽    人们从不同动物组织内或者皮肤里分离出众多抗菌肽，从猪体内分离出至少18种，比如PMAP-23，其氨基酸序列为：RIIDLLWRVRRPQKPK  FVTVWVR；从牛中分离出至少30种抗菌肽，例如BMAP-27，其序列为GRFKRFRKKFKKLFKKLSPVIPLLHLG；来源于大鼠组织蛋白酶相关的抗菌肽rCRAMP，它的氨基酸序列为GLVRKGGEKFGEKLRKIGQKIKEFFQKLALEIEQ。人体中发现的防御素属于抗菌肽中的一个大家族根据它们的空间结构和分泌部位的差别又可以分为三大类别:α-防御素、β-防御素 、θ-防御素。人体中还发现了一种用途十分广泛的抗菌肽LL-37。

        (3)植物类抗菌肽    植物组织中也存在与动物防御素结构相似的植物抗菌肽,称之为植物防御素。大多数植物抗菌肽对植物病原体具有良好的生物活性，科研人员研究发现绝大部分植物类的抗菌肽都含有多个半胱氨酸并且形成一对或者多对二硫键环。

        (4)昆虫类抗菌肽    昆虫在野外的环境经常接触到各种细菌，它们机体在受到刺激以后由血淋巴或机体相关部位产生抑制细菌的抗菌肽。它是昆虫自身免疫系统的重要组成部分并且发挥着不可替代的作用。昆虫的脂肪体分泌出抗菌肽对各系统的病原体起抑制作用，目前已发现的昆虫类抗菌肽种类不少于200种，工蜂毒腺分泌出来的蜂毒肽MELITTIN,其氨基酸序列为GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ-NH2，蜂毒肽是目前研究应用领域比较多的昆虫类抗菌肽。

        (5)鱼及水生类抗菌肽  科学家们从水生鱼类中发现过多种高活性的抗菌肽，从鲶鱼皮肤分离到的组蛋白Parasin I，由 19 个氨基酸组成的短肽,它的氨基酸序列为：KGRGKQGGKVRAKAKTRSS。人们也从比目鱼中发现了pardaxin(GE33)，它是由33个氨基酸残基组成的阳离子抗菌肽，它具体的氨基酸序列为：GFFALIPKIISSPLFKTLLSAVGSALSSSGGQE。