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当一个荧光基团R与一个荧光猝灭基团Q（可以猝灭前者的发射光谱）距离临近至一定范围时就会发生荧光共振能量转移，猝灭基团会吸收荧光基团在激发光作用下的激发荧光，从而使其发不出荧光。但如果荧光基团一旦与猝灭基团分开猝灭作用即消失其程度与基团质检的空间距离紧密相关一般为7～10 nm 时即可发生，随着距离延长呈显著减弱。
